名前は春に花が咲くことに由来する。花茎は基部で分岐し、数本が集まって直立～斜上する。根生葉は大きく、ロゼット状になり、花期には枯れる。葉柄は長さ1～2㎜、無毛。葉身（根生葉）は長さ1～3㎝、幅0.7～2.2㎝の卵状被針形～卵形、まれに倒卵状長楕円形、縁は軟骨質、平滑、先は鋭形、まれに円形、中脈は明瞭。茎葉は3～5対、間隔が広くつき、葉柄は長さ1.5～2㎜、無毛。葉身（茎葉）は長さ6～8㎜、幅1～4.5㎜の披針形～長楕円形、節間より短く、茎の下部の葉の縁は狭い軟骨質、上部につく葉の縁は軟骨質が広く、先は鈍形、脈は1本。花は数個つき、花柄は長さ2～4㎜。萼は狭倒円錐形、長さ(6)8～9㎜、裂片は狭三角形、長さ2.5～3㎜、縁は膜質、先は鋭先形、中脈が明瞭。花冠は長さ2～3㎝、漏斗状鐘形、青色～青紫色、先が5裂してやや小さい副片が間にあり、花冠の喉部斑紋は濃色のすじ状～短線状。裂片は長さ4～6㎜、先が鋭形、全縁。副片は長さ2～3㎜、先が円形、鋸歯状。雄しべ5個、花冠の筒部の中間にある、花糸は長さ2～2.5㎜。葯は長さ1.2～1.5㎜。雌しべ1個。花柱は長さ2～2.5㎜。柱頭は2裂。雄しべ先熟であり、花粉を出し終わってから雌しべの柱頭が開く。蒴果は長さ6～8㎜、白色の蒴果、熟すと先端が2裂する。その後、果皮は淡褐色になり、雨を受けて種子が流れ落ちる（雨滴散布）。果柄は白色、無毛、長さ2.8㎝以下に伸びる。種子は褐色、長さ1～1.2㎜。
　稀にある白花はシロバナハルリンドウ form. albiflora という。
　タテヤマリンドウ var. minor はハルリンドウの変種であり、日本、中国の高山の湿原に分布する。花冠が長さ約1.2㎝と小さい。中国名は小丛生龙胆 (xiao cong sheng long dan)。
　フデリンドウ Gentiana zollingeri は乾いた場所に生え、全体にやや小さく、茎が紫色を帯び、茎上部に花が数個、固まってつく。根生葉がなく、茎葉の大きいものは長さ1～1.3㎝、幅3～8㎜の広卵形～類円形。種子が長さ0.3～0.5㎜と小さい。
　コケリンドウGentiana squarrosa はフデリンドウに類似して乾いた場所に生え、小形、ロゼットをつくる。花茎が基部で多数分枝し、葉が密につく。花は淡青色、花冠の副片が裂片よりやや小さい程度。
　リンドウ Gentiana scabra var. buergeri は大型で秋に花が咲く。