植物体は中形。茎は稀にしか分枝せず、葉を含めて5～10（30）㎜、幅約3㎜。茎に9～17（ときに50以上）対の葉を扁平につける。葉は長さ1.5～2.25㎜、幅0.35～0.50㎜の披針形、鋭頭。葉縁に細長い細胞からなる舷はなく、葉縁の3～4列の細胞は薄く、葉頂部の縁に細かい鋸歯があり、下部は不明瞭な微歯。中肋は葉先の近くに達するが、突出しない。腹翼は葉身の長さの約1/2長。背翼の葉身細胞は長さ6～13μmの六角形～方形、細胞の表面が盛り上がり、厚壁。腹翼の細胞の角にはパピラが1個ずつつき、3～4個のパピラがある。雌雄異株。雄株は雌株より小さく、長さ約10㎜程度、葉を含めた幅約3㎜。造成器は雄株の葉腋につき、長さ約0.4㎜。造卵器は雌株につく。蒴柄は側生、茎の中間から出る。蒴は長さ0.6～1㎜、傾いてつき、非相称。　蒴歯は1列。n=12。
　キャラボクゴケは腹翼が長く、中肋が葉先から短く突出し、葉身細胞が丸みのある方形。葉縁の細かい。蒴柄は茎の基部から出る。
　低地で見られるサクラジマホウオウゴケはやや小形で、茎に葉腋瘤がつく。葉身細胞に明瞭なマミラがあり、蒴柄は頂生。