セキヤノアキチョウジはシソ科ヤマハッカ属の多年草。
　多年草、高さ30～90㎝。葉は対生し、長さ5～15㎝の長楕円形で先が長く尖り、短い葉柄がある。茎頂の総状花序に多数の花を片側に向けてつける。花は長さ約20㎜、幅5～6㎜の唇形花、花柄は長さ10～25㎜と長く、無毛。萼は小さく、5個の萼歯が尖る。果実は4分果。分果は長さ1.5～2㎜。花期は9～10月。
　アキチョウジは花柄が長さが10㎜以下短く、萼の先が鈍い。