ミヤマクルマバナはシソ科トウバナ属の多年草。和名の由来は高山に生えるクルマバナ。
　高さ10～40㎝。全体に毛がある。茎は直立～斜上し、4稜形、稜と節に下向きの毛がある。葉は対生し、長さ3～5㎝×幅2～3.5㎝の卵状円形～卵形、基部は円形～わずかに心形、縁には鋭い鋸歯があり、縁毛が目立ち、先は鋭形～鈍形、両面にまばらに軟毛があり、下面の腺点は目立たず、側脈が葉縁に沿って曲がり、中軸に対して鋭角になり、深くて目立つのが特徴。輪散花序の仮輪は数段につき、仮輪の間が離れる。萼は2唇形、赤色を帯び、萼歯は5個、上側の萼歯の先も尖鋭形、開出毛が密生し腺毛が混じる。花は色が鮮やかで、クルマバナより唇形の花冠が大きく、長さ15～20㎜。花冠の筒部の内面に濃色の斑点がある。小堅果(分果)はやや扁平なほぼ球形、長さ約1㎜。花期は8～9月。
　クルマバナは葉脈が平行脈でなく、花が長さ7～11㎜と小さい。