関東地方以西に帰化し、最近はどこでも見られるようになり、近年特に増加している。茎はほとんど分枝せず、直立する。葉は互生し、無柄。葉身は長さ6～20㎜の卵形～卵状被針形～倒卵状被針形、縁に低い鋸歯があり、上部の葉は先が尖る。花は茎頂及び葉腋につき、花冠は直径1～1.3㎝。頂部の花以外はほとんど閉鎖花になる。萼裂片は通常5個であるが、閉鎖花では3、4個も多い。蒴果は長さ6～10㎜、長楕円状の円筒形、内部は3室に分かれ、熟すと上端近くの側面に孔が開き、種子が出る。種子は光沢のある褐色で、長さ約0.5㎜の扁平な楕円形。2n=28 ,56。
　よく似てやや大きいキキョウソウは茎の中部以上につく葉が粗い鋸歯の惰円形心脚で、基部が茎を抱き、下部の花もよく開花する。ヒナキキョウソウの方がキキョウソウより少し早く咲き始める。
　在来種のヒナギキョウはさらに早く咲き始めて花期が長く、草丈が低く、茎頂の長い花茎の先に花が１個ずつつく。