茎はやや曲がりながら、直立し、上部で分枝する。葉は対生し、長さ2～4㎝、幅6～12㎜の倒卵形～長楕円形、全縁、先は円頭、基部は広い楔形、縁には黒点があり、内部に明点が多数あり黒点はない。花の直径は約1㎝。花弁は4～6（普通5）個、長さ4～6㎜、明線があり、縁に黒点がある。雄しべは5～7個が束になり3束ある。雌しべ1個、花柱3個、長さ1.3～2㎜。萼片は花弁と同数、長さ3.5～5.5㎜、大きさが不揃い、明点が多数あり、縁の黒点に有柄のものがある。蒴果は長さ5～8㎜の広卵形、熟すと先が3裂し、種子を落とす。種子は07～0.8㎜の長楕円形。
　ナガサキオトギリはサワオトギリから独立種 Hypericum kiusianum Koidz. var. kiusianum とされたものである。ソハヤキ型であり、太平洋側の箱根を北限とし、本州（富士、箱根、伊豆、紀伊半島）、四国、九州に分布する。葉が長さ15～20㎜の倒卵形、幅がやや狭い。萼片は長さ約2㎜、縁の黒点が有柄であることはない。
　三河地域のサワオトギリ（新城市内に自生）と思われるものの萼片の黒点を確認したところ、無柄の黒点がほとんどであるが、萼片に2個の有柄の黒点があった。葉や萼片も大きく、サワオトギリであり、茶臼山周辺のものも同様と考えられる。
　オトギリソウは大きく、葉の黒点が縁だけでなく、葉全面に多い。
　コケオトギリやヒメオトギリには黒点がなく、明点だけである。