地衣体の一部が樹枝状に伸び、この枝を擬枝柄といい、分枝した小枝を刺枝という。キゴケ属の形態的な分類は擬枝柄の形状、刺枝の形状、子器などで分類する。ヤマトキゴケは変異が多く、基本葉体が永存～消滅、分枝が多いもの～少ないもの、刺枝が円筒状～サンゴ状などがあり、多くの変種に分類されている。
　地衣体は樹状、子柄(偽枝柄)は直立し、高さ1～3（4）㎝、幅約0.5㎜、分枝は少ない。刺枝は子柄の片側に密生し、他側は刺枝が長さ2㎜ほどの円筒状になり、稀に分枝し、上部ほど短くなり、疣（いぼ）状になる。トメンタ（繊維状で腹面につく）を欠く。粉芽を欠く。共生藻は緑藻。頭状体が子柄の表面につき、暗褐色、小粒の集合からなる。子器は頂端に生じ、レキデア型、子器の盤は赤褐色～黒色。子嚢下層は褐色。胞子は無色、円筒形、一端は丸みがあり、4室。呈色反応：K+黄色後に赤色, P+橙色、アトラノリン、スチクチン酸、ノルスチクチン酸を含む。
　キゴケは低地にも多く、子柄が高さ5～8㎝、最大幅2～3㎜、分枝が多い。刺枝は長さ1～3㎜、サンゴ状。子器の盤は褐色～赤黒色。子嚢下層は無色。K+黄色, P-。
　クロミキゴケはキゴケに似て成分も同じである。子嚢下層が褐色。