枝に2形ある。主茎は5～20㎝地表を匍匐し、側枝を出す。側枝は直立し、1～2回分枝し、葉がまばらにつく。直立した側枝は高さ5～12㎝で、同形の葉が4列つき、冬は枯れる。匍匐茎には服葉と背葉がつき、腹葉は長さ2～2.5㎜の広卵形、全縁で、横に広がり、背葉は小さく、先が鋭く尖って直立する。胞子嚢穂をつける枝は長さ2.5～12㎝、直立し、栄養葉の枝とほぼ同形である。胞子嚢穂は単生又は2～3回分枝することもあり、長さ18～50㎜、幅2～4.6㎜。大胞子葉は胞子嚢穂の基部につき、小胞子葉はやや小さく、長楕円形、厚く、中部につく。小胞子は橙赤色、大胞子は橙黄色。
　クラマゴケは栄養葉の先の小枝（胞子嚢穂）にソーラスをつけ、胞子葉はすべて同形で、細鋸歯がある。ヒメクラマゴケは胞子嚢穂が直立し、胞子葉は2形あり、背側の葉が大きい。