植物体は小形～中形、高さ(5)8～20(30)㎜、濁緑色～黄緑色、密に群生する。茎は赤色を帯び、直立し、わずかに分枝し、基部に仮根がある。葉は長さ1～2.5㎜の広披針形～披針形、全縁、葉縁が狭く背面へ反曲する。葉が乾くと巻縮する。中肋は太く、葉先に達するか短く突出する。葉身細胞は長さ7～12µmの方形、平滑、厚壁。基部の葉身細胞は長さ13～20µm、幅7～10µmの短矩形、やや薄壁。雌雄異株。雄株は雌株に似る。蒴柄は長さ1～2㎝、直線、赤褐色。蒴は長さ1.0～2.0㎜、幅0.5～0.7㎜の曲がった円筒形、非相称、赤褐色、普通、基部に低いこぶがあり、乾くと深い縦しわが出る。蓋は嘴が短い円錐形、赤褐色。蒴帽は長い僧帽形、淡褐色。口環は厚い2～3細胞列。蒴歯は1列、16本あり、基部近くで2裂し、節があり、細かいパピラがある。基礎膜は低い。胞子は直径11～16µm。n=13
　ネジクチゴケも蒴柄が赤くやや似ている。隣に生えていたこともある。ネジクチゴケは2月初めに蒴が熟していたが、ヤノウエノアカゴケは蒴柄が出始めたばかりであった。ネジクチゴケは蒴の蓋の嘴が長い。葉が長く、舌形に近い。