植物体は大形、緑色～暗緑色、硬く、触るとゴワゴワした感触がある。一次茎は這い、二次茎は立ち上がり、2～3回羽状に分枝し、多数の枝を出し、樹木の枝のようになる。枝は葉を含めて0.5～1㎜と細く、茎葉と枝葉は明瞭に異なる。一次の茎葉は長さ1～1.5㎜(China Moss: 長さ1.26～1.44㎜、幅0.9～1.13㎜ )、腎臓形～半円形、先が細く尖り、反り返り、全周に鋭い歯がある。中肋は葉長の約3/4以上、背面の先端に1個の歯（刺）がある。葉身細胞は長さ35～45µm、幅3～5µm（China Moss: 長さ20–37µm、幅5～7µm）の狭楕円形～線形。枝葉は茎葉よりやや小形、長さ0.95～0.99㎜、幅0.63～0.72㎜の広卵形、先が漸尖し、鋭頭、中肋が葉先の近くで終わる。枝葉の葉身細胞は長さ20～25µm、幅6～7（:China Moss）の狭楕円形～線形。雌雄異株。蒴柄は長さ20～25（China Moss: 25～30）㎜、古くなると黒色を帯び、全面にパピラがある。蒴は卵形、横向き。蓋は長い嘴状。蒴歯は2列。外蒴歯は線状披針形。内蒴歯は外蒴歯の長さの1/2.。シリア（間毛）は2～3本、小結節がある。胞子は直径12～15 µm、平滑。n=10,11
　ツクシナギゴケは植物体が硬くなく、葉が密集する。茎葉と枝葉が似ており、茎葉は卵状心形。中肋がやや短い。蒴柄が長さ10～15㎜。