根茎はワサビのように太くならない。根生葉は直径2～5㎝の円形で、基部は心形。葉縁は波状の鋸歯があり、長柄がある。茎葉は互生し、上部ほど小型で、長卵形。花は総状花序につき、直径約1㎝の白色4弁花、萼片4個。雄しべは6個。果実は長さ約1.2㎝の長角果。種子は長さ2～3㎜の長円形。2n=28。
　ユリワサビと誤認されていたことのあるオオユリワサビ Wasabia tenuis (Miq.) Matsum. var. okinosimensis(Taken.) Kitam. はユリワサビより大型で、根茎が太くなり、ワサビより辛味が強い。オオユリワサビは最近ではワサビと同一とされている。