茎は斜上し、ほとんど分枝しない。葉は長さ10～15㎝、3回羽状に全裂し、細かく切れ込み、裂片は幅が細く、コスモスの葉のようになる。葉柄は長さ3.5～7㎝、茎上部の葉柄は短い。茎頂の総状花序と葉腋から伸ばした枝に、花を横～下向きに多数つける。頭花は幅8～12 ㎜、総苞は半球形、総苞片は3列。痩果は無毛。
　ミヤマオトコヨモギは葉がさじ形。頭花は似ているが、やや小さい。