葉からレモンのような強い香りがする。よく目にする草であるが交雑もあり、臭いの弱いものもある。くらがり渓谷の近くの県道37号線の道端に多く見られ、ここのものは臭いが強く、レモンエゴマであることがはっきりわかる。花が白色のものも多い。
　全体に紫色を帯びることが多く、茎の中部以下に下向きの短毛が密生する。葉はシソの葉より丸く、長さ7～12㎝、長い柄があり、葉の基部は広い楔形で鋸歯がなく、鋸歯が丸みを帯びない。葉裏には腺点がある。花序は2花の仮輪を多段に密につける。花は唇形の白色～淡紅紫色～紅紫色。苞は長さ約4㎜、緑白色、縁に白毛があり、果実が熟す頃には落ちてしまう。萼には白毛と黄色の腺点が多い。果実は4分果。分果は直径1.4～1.6（約1.5）㎜のほぼ球形、紫色に熟し、乾くと褐色になり、表面に網目模様がある。2倍体、2n=20。
　トラノオジソ　P. frutescens var．hirtella は茎の中下部には縮れた短毛が密生し、葉の幅がやや狭く、葉の基部まで明瞭な鋸歯がある。細長い花序に赤紅色の花が密につく。レモンの香りもやや弱い。2n=20。エゴマと同一種とする見解があり、var．hirtella をレモンエゴマとしている場合がある。
　レモンエゴマ、エゴマ、シソは交雑しやすく、形態では同定が難しい。臭いで判断するのがよい。
　エゴマ　P. frutescens var. frutescensは特有の臭いがあり、茎に短毛と縮れた毛が疎生し、葉は鋸歯がやや丸みを帯びる。また、花は白色が普通である。果実が1.5～1.9（約1.7）㎜とやや大きい。ただし、小粒の品種もある。
　シソ　P. frutescens var. crispa はシソ特有の匂いがあり、茎に短毛と縮れた毛が疎生し萼が果時に長さ5～6㎜。葉が赤色でしわがあるチリメンジソ　form. crispa 、赤色で葉にしわがないアカジソ form. purpurea 、葉が緑色のアオジソ form. viridis など品種が多い。