根茎は細い。根出葉は長さ8～18㎝、幅1.5～5㎜の広線形、葉の縁にまばらに白い毛が生える。茎葉は根生葉より小さい。茎は細く、直立し、先端の集散花序に単生花をつける。花被片は内花被片3個と外花被片3個の計6個、同長で、長さ3～4㎜の披針形。小苞2個が花被片の外側に接してつく。雄しべ6個。葯は長さ0.6～1.2㎜、葯/花糸の比は0.6～1.2。雌しべ1個。蒴果は長さ3～4㎜、緑褐色、丸みを帯びた三角垂形、種子が3個入る。種子は長さ1～1.6㎜の広楕円形、種沈が上側に伸びてつく。種沈は長さ0.3～1.7㎜、種子の長さの1/0.9～1/2.2。2n=46。
　ヤマスズメノヒエは花が多数集まって頭状につく。