ゲンノショウコは日本では山野に普通に見られる。東日本では白色、西日本では紅紫色のものが多く、三河では花が白色のものがほとんどである。まれに、紅紫色のもの、中間色のものもある。ベニバナゲンノショウコ、シロバナゲンノショウコ、ヤエザキゲンノショウコに花の色で品種に分けられていたが、現在では学名は分けない。
　多年草。根茎は垂直で、直径2～10㎜、疣状突起がなく、根は肥大しない。茎は高さ20～70㎝、這うまたは斜上し、節で発根することもあり、長さ0.3～1.4㎜の開出または後向きの伏毛があり、ときに長さ0.8～1.3㎜の開出する腺毛がある。托葉は披針形～錐形、離生。葉は対生する。葉柄は長さ0.3～1.2㎜の開出～後向きの毛があり、ときに長さ0.5～1.2㎜の開出する腺毛がある。葉身は長2.4～6.4㎝、掌状分裂し、主切れ込み/中裂片の長さの比＝0.73～0.91、伏した直軟毛がある。裂片は(3～)5個、菱形、基部の幅4～12㎜、上半分に5～8裂片があり、第2切れ込み/中裂片の長さの比=0.11～0.21。小集散花序は単生し、2個の花がつく。花は直径1.2～1.6㎝。花序柄は長さ2.2～13.9㎝。小花柄は長さ0.8～3.3㎝、長さ0.2～1㎜の開出毛と通常長さ0.6～1.1㎜の開出する腺毛がある。小苞は線状披針形。萼片は長さ5.1～8.1㎜、微突(短い棒状の芒)は長さ0.8～1.9㎜、微突/萼片の長さの比=0.12～0.25、外側は長さ0.1～0.9㎜の開出～前向きの毛があり、長さ0.2～1.2㎜の腺毛が開出し、内側は無毛。花弁は白色または帯紫色、長さ(6.8～)7.3～8.3(～9)㎜、直立～開出し、外側は無毛、内側は基部に毛があり、縁には基部に縁毛があり、先は円形または微凹形。雄しべは10本、雄しべの花糸は帯白色、先が急に狭くなった披針形、外側に直軟毛があり、下半分に縁毛があり、毛は長さ0.1～0.7㎜。葯は帯青色(青紫色)、長さ0.8～1.1㎜。 蜜腺は5個、半球形、無毛。柱頭はピンク色。果実は長い嘴があり、長さ1.9～2.7㎝、未熟時には直立し、熟すと裂開し、5個の分果が巻き上がる。分果は平滑、基部にカルスがあり、長さ0.2～0.7㎜の±開出毛と長さ0.6～1.5㎜の腺毛がある。嘴は長さ1.3～2㎝、先端は0.5～1.8mmが狭くなる。柱頭は長さ1.6～2.3㎜、宿存する。種子は長さ1.7～2.2mm。花期は4～9月。果期は5～10月。2n=28。
　類似のミツバフウロ、コフウロに生える毛は腺毛ではない。特に、愛知県絶滅危惧ⅠB類のミツバフウロは葉も似ており混同しやすいので注意が必要。コフウロは葉が3全裂することで見分けやすい。