類似のホトトギスに比べて全体に小型。
　茎には下向きの毛が密生する。葉は互生し、長さ8～18㎝、幅2～5㎝の長楕円形で、先がとがり、基部は茎を抱く。葉に暗色の斑点模様がある。花は上部の葉脇に上向きに単生、ときに2～3個つく。花披片は長さ1.5～2㎝、開出し、白色に紅紫色～紫色の斑点がまばらにつく。花柱は太く、斑点がなく、先端が深く3裂して平らに開き、裂片の先がさらに2裂し、裂片だけに紅紫色の斑点がある。雄しべは6個。3本の花糸は花柱の先の裂片の下側に沿い、残り3本が裂片の間に見える。花糸には斑点はない。花被片の幅や斑点の濃さには変化があり、白色のものはシロバナヤマジノホトギスという。2n=26。
　ホトトギスは全体に大きく、花柱や花糸に斑点がある。
　ヤマホトトギスは花が散房状に枝分かれしてつき、花被片が反り返る。