ミゾソバの分類は難しく、染色体数やDNAの比較による研究（により、ミゾソバが4種1亜種1変種に整理し直された。最近はPersicaria（イヌタデ属）として分類されることが多いが、Polygonum（タデ属）として分類されている。
　　（参考）ミゾソバの変種等の形態的比較

	ミゾソバ Polygonum thunbergii	ニシミゾソバ Polygonum hassegawae	コミゾソバ Polygonum mikawanum	ヤマミゾソバ var. oreophilum
主軸長　㎝	45～200	90～235	15～125	50～240
閉鎖花序枝㎝	0.3～80	20～50	なし	0.5～4.0
葉形の基部	切形～楔形	切形	浅い心形	切形
頂裂片形	卵形	卵形	卵形	ほぼ三角形
頂裂片先端	鋭頭～鈍頭	鋭頭	鈍頭	鈍頭
側裂片先端	鋭頭～鈍頭	鋭頭～鈍頭	鈍頭～円頭	鈍頭
葉身湾入部	中程度	中程度	やや深い	ほとんど無い
側裂片の相対的大きさ	中程度	小さい	やや大きい	やや小さい
痩果の光沢	無	やや有	やや有	有
開花期間	9月下～11月下	10月上～11月上	8月下～10月上	10月上～11月上
染色体数	2n=40	2n=20	2n=20	2n=38

	ヒカゲミゾソバ var. coreanum	オオミゾソバ　ssp. hastatotrilobum
主軸長　㎝	10～60	60～150
閉鎖花序枝㎝	0.1～2.5	30～150
葉形の基部	切形～楔形	切形～楔形
頂裂片形	卵形	卵形
頂裂片先端	鋭頭	鋭頭
側裂片先端	鋭頭	鈍頭
葉身湾入部	中程度	深い
側裂片の相対的大きさ	中程度	大きい
痩果の光沢	無	無
開花期間	7月上～9月上	9月下～11月下
染色体数	2n=40	2n=40,42

　※秋期の環境指標植物開発に関する研究 (愛知教育大学)第1表を参考
1　ミゾソバ　Polygonum thunbergii Siebold et Zucc.
　葉形の変化が多い。葉基部は切形～楔形としているが、浅い心形のものもあり、葉身の湾入のほとんどないものもよく見られる。また、日本海側では2n=20の二倍体のミゾソバも確認されている。
2　ニシミゾソバ　　Polygonum hasegawae Hanai et Seriz.
.　葉の側裂片が小さく、葉先が尖る。西日本の水田の畔など湿った場所で見られる。
3　コミゾソバ　Polygonum mikawanum Hanai et Seriz
　岡崎市の北山湿地を基準産地としている。ミゾソバより葉がやや小さく、裂片が鈍頭、基部が浅い心形。愛知県準絶滅危惧種に指定され、愛知県レッドデータブックに解説がある。
4　ヤマミゾソバ　Polygonum oreophilum (Makino) Hiyama
　山地の林内の日陰に生える変種。茎に刺が少ない。節間長が広い。葉幅が広く、くびれのない三角形、裂片の先が鈍頭。葉柄に翼がない。花は白色、花数が少ない。花柄が長く腺毛がほとんどない。 果実は光沢がある。
5　ヒカゲミゾソバ　Polygonum thunbergii Siebold et Zucc. var. coreanum Léveillé
　葉が特に小さく、葉先も側裂片の先も尖る。花が大きく、花数が少ない。
6　オオミゾソバ　Polygonum thunbergii Siebold et Zucc. ssp. hastatotrilobum (Meisn.) Hanai et Seriz.
　以前は変種として分類されていたが、亜種として分類を変更された。葉が大きく、葉の中央のくびれが深く、側裂片も大きい。葉柄にはっきりした翼がある。