ミゾソバの分類は難しく、染色体数やDNAの比較による研究などにより、ミゾソバ類がミゾソバ、ニシミゾソバ、コミゾソバの3種に整理し直された。ヤマミゾソバ(var. oreophila)、ヒカゲミゾソバ(var. coreana)、オオミゾソバ(var. hastatotriloba)はミゾソバに含められた。ヤマミゾソバは変種とする見解もある(YList)。葉形は参考に示されているが、いずれも変化が多い。
　表・1　ミゾソバ類似種の形態的比較

	ミゾソバ P. thunbergii	ニシミゾソバ P. hassegawae	コミゾソバ P. mikawana
主軸長　㎝	45～200	90～235	15～125
閉鎖花序枝　㎝	0.3～80	20～50	なし
葉形の基部	切形～楔形	切形	浅い心形
頂裂片形	卵形	卵形	卵形
頂裂片先端	鋭頭～鈍頭	鋭頭	鈍頭
側裂片先端	鋭頭～鈍頭	鋭頭～鈍頭	鈍頭～円頭
葉身湾入部	中程度	中程度	やや深い
側裂片の相対的大きさ	中程度	小さい	やや大きい
痩果の光沢	無	やや有	やや有
開花期間	9月下～11月下	10月上～11月上	8月下～10月上
染色体数	2n=40	2n=20	2n=20

　表・2　ミゾソバに含められた類似種の形態的比較

	ヤマミゾソバ var. oreophila	ヒカゲミゾソバ var. coreana	オオミゾソバ var. hastatotriloba
主軸長　㎝	50～240	10～60	60～150
閉鎖花序枝　㎝	0.5～4.0	0.1～2.5	30～150
葉形の基部	切形	切形～楔形	切形～楔形
頂裂片形	ほぼ三角形	卵形	卵形
頂裂片先端	鈍頭	鋭頭	鋭頭
側裂片先端	鈍頭	鋭頭	鈍頭
葉身湾入部	ほとんど無い	中程度	深い
側裂片の相対的大きさ	やや小さい	中程度	大きい
痩果の光沢	有	無	無
開花期間	10月上～11月上	7月上～9月上	9月下～11月下
染色体数	2n=38	2n=40	2n=40,42

　※秋期の環境指標植物開発に関する研究 (愛知教育大学)第1表を参考
1 Persicaria thunbergii (Siebold et Zucc.) H.Gross　ミゾソバ
　葉形の変化が多い。葉基部は切形～楔形としているが、浅い心形のものもあり、葉身の湾入のほとんどないものもよく見られる。閉鎖花をつける。2n=(34), 40
2 Persicaria hassegawae Hanai & Seriz.　ニシミゾソバ
.　葉の側裂片が小さく、葉先が尖る。西日本の水田の畔など湿った場所で見られる。閉鎖花をつける。2n=20。
3 Persicaria mikawana Hanai et Seriz.　コミゾソバ
　岡崎市の北山湿地を基準産地としている。ミゾソバより葉がやや小さく、裂片が鈍頭、基部が浅い心形。閉鎖花をつけない。愛知県準絶滅危惧種に指定され、愛知県レッドデータブックに解説がある。2n=20。

4 Persicaria thunbergii (Siebold et Zucc.) H.Gross var. oreophila (Makino) Murai　ヤマミゾソバ

　山地の林内の日陰に生える変種。茎に刺が少ない。節間長が広い。葉幅が広く、くびれのない三角形、裂片の先が鈍頭。葉柄に翼がない。花は白色、花数が少ない。花柄が長く腺毛がほとんどない。果実は光沢がある。2n=38。現在はミゾソバに含める。

5 Persicaria thunbergii (Siebold et Zucc.) H.Gross var. coreana (H.Lev.) Nakai　ヒカゲミゾソバ

　葉が特に小さく、葉先も側裂片の先も尖る。花が大きく、花数が少ない。現在はミヤマタニソバまたはミゾソバに含める。2n=40。

6 Persicaria thunbergii (Siebold et Zucc.) H.Gross var. hastatotriloba (Meisn.) Miyabe　オオミゾソバ

　葉が大きく、葉の中央のくびれが深く、側裂片も大きい。葉柄にはっきりした翼がある。現在はミゾソバに含める。2n=40. 42。