葉は3～5個が輪生し、2～3段につく。茎の先に1～2個の暗紫褐色の花をやや下向きにつける。花は雄花と両性花があり、写真は雄花。花被片は6個で、黄色の細かい斑点があり、内側は色が薄く斑点が目立つ。2n=24,36
　北海道の低地で見られるエゾクロユリ var. camtschatcensis は3倍体2n=36、大きく、花数も多い。高山帯のものは2n=24であり、ミヤマクロユリ　var. keisukei　という。
　花が黄色のものはキバナクロユリ form. flavescens という。
　広義のクロユリはミヤマクロユリとエゾクロユリを含めたもの。