和名の由来は別名のとおり水源のようなところにに生えることから。日本産を var. insularisとし、中国などの大陸産を基準変種のマンシュウミツモト var.cryptotaeniaeに分ける説もあるが、分けないのが普通。
　全体に毛が生え、特に茎、萼片の軟毛は長い。根生葉は花期にはない。葉は3出複葉、小葉は長さ2～6㎝、幅1～2.5㎝の惰円形～卵状披針形、中間で幅が最も広い。葉の裏には軟毛が生え、葉脈が明瞭。葉縁に鋸歯がきれいに並び、ときにやや重鋸歯状になる。葉柄は毛が多く、基部に葉柄を抱くように托葉がつく。花は枝先に多数つき、直径約1㎝。花柄は細く、長さ1～2㎝。花弁は5個つき、黄色の広卵形、基部に橙色の小さな班紋がある。雄しべは普通、20個。葯は黄色、裂開後に赤色を帯びる。雌しべ多数。萼片は狭卵形、先が尖り、萼片よりやや長い副萼片がある。痩果は長さ0.9～1㎜、幅0.8～0.9㎜の半円形状、付属体はなく、暗褐色、表面に明瞭な低い隆起線がある。
　エゾノミツモトソウはヨーロッパ原産の帰化種。花や葉の形が似ている。茎に剛毛があり、萼片や副萼片が花弁より明瞭に長い。茎葉の托葉が葉状で、切れ込みがある。2n=14