葉は互生し、長さ8～18㎝、幅2.5～5㎝の長楕円形、先が尖り、縁が波打つ。花は茎頂や上部の葉腋に散房状に枝分かれして数個、上向きにつく。枝分れが特徴である。小花柄は長さ1.4～3㎝。花披片は長さ1.5～2㎝、強く反曲することが多く、白色に紅紫色の斑点があり、花被片の基部の斑点が大きく密なことが多い。強く反り返った花被片内側が中凹みとなることも特徴である。雄しべは6個、長さ1.5～2㎝、花糸の外面や花柱の基部に斑点があるものやほとんどないものがある。花糸の上面（内面）には斑点はない。花柱は3個、長さ1～1.5㎝、柱頭は2裂。果実は長さ2～3㎝。2n=26。
　ホトトギスは全体に大きく、花柱、花糸、葯に斑点がある。
　ヤマジノホトトギスは花が葉腋にほぼ単生し、花被片が開出する。ヤマホトトギスも花被片が反曲しないことがあり、花柱の基部に班紋がないとヤマジノホトトギスと混同しやすい。