和名の由来は小穂が萌黄（もえぎ）色であることから。
　茎は直立し、3稜形で、ざらつく。基部の鞘は褐色の繊維状。葉は幅2～5㎜の線形。小穂は3～6個上部に固まって、ほとんど接してつき、ときに下部の1個が離れる。雄小穂は長さ1～4㎝、幅1～1.5㎜。雌小穂は長さ1～3㎝、幅2～3㎜。雄小穂の鱗片は質が厚く、鈍頭で、軸に圧着する。雄しべの花糸は離生して糸状。果胞は長さ3～3.5(実測2.1～2.7）㎜で、多数の縦脈があり、有毛、頂部は嘴状に尖る。果実は長さ2～2.5(実測1.5～2)㎜、頭の先が環状に膨れる。
　果胞の長さは図鑑等ではいずれも3～3.5㎜となっているが、実測は2.1～2.5㎜であった。神奈川県植物誌の図でも約2.5㎜である。小さいものも多いと思われる。
　ヒメモエギスゲ Carex pocilliformis は雄小穂が細く、雌小穂はモエギスゲよりやや離れてつく。また、雄小穂の鱗片がコップ状になるのが特徴である。雄しべの花糸が平らで合着する。