和名はオウレンに似て3小葉を持つことに由来する。小型で目立たない。オウレンは根茎を黄連ということから。
　根茎は黄色～橙色。葉は根生し、3出複葉。小葉はほぼ無柄、鋭い鋸歯縁、厚く光沢がある。細い長さ(3)5～10(17)㎝の花茎の先に直径約1㎝の花を1個だけつける。萼片は5個、長さ（1）1.7～4.5（11）㎜、幅1～4㎜、白色の花弁状で大きい。花弁は長さ0.8～1.6㎜、棍棒状の黄色の蜜腺だけになっている。雄しべは長く、30～60個。袋果は3～7個、放射状に開出し、長さ（3）3.9～7（8）㎜、果実とほぼ同長の柄がある。種子は長さ1～1.5㎜。2n=18
　バイカオウレンは小葉が5個の掌状複葉。花も大きい。
　オウレンは キクバオウレンやセリバオウレンを含めた広義の Coptis japonica を指し、一般的にはキクバオウウレンを指す。小さな白色の花弁がある。