茎には下部を除き腺毛が密生し、下部で多数分岐して立ち上がる。葉は対生し、長さ10～25㎜の線形、3脈があり、葉の基部は膜で合着して長さ3～4㎜の鞘になる。茎頂に１本の長い花茎を伸ばし、大きな苞の楕円形の花序をつける。花は直径約１㎝の淡紅色の５弁花。花弁の先はV字状に２裂する。萼片は長さ10～12㎜。種子は長さ1.5～1.8㎜。2n=60
　類似のコモチナデシコ（Petrorhagia prolifera ）とは葉鞘の長さと幅の比で判別できるとされている。イヌコモチナデシコは葉鞘の長さが幅の1.5～2倍になり、 コモチナデシコはほぼ等しい。種子で比べるとイヌコモチナデシコは表面に小突起があり、コモチナデシコは溝を彫ったような細かい網目模様がつく。種子は小さく、肉眼での判別は難しい。