全体に強い香りがする。茎は長立し、下向きの毛が密生し、腺点がある。葉は対生し、長さ2.5～7㎝の卵形で、長さ1～5㎝の葉柄があり、不規則な鋸歯縁。葉表や葉裏の中央脈に毛があり、葉裏には腺点がある。花は穂状花序につき、花穂の幅は広いもので約10㎜、苞が2個対になり、2列に10～25段ほどつき、花は片側だけに偏ってつく。苞は縁に長い白毛があり、面、特に脈上にも短毛があり、小さな腺点が多い。苞には花が1～6個つき、花数が多いものは苞の幅が広い。上部の数段の苞は幅が狭く、花数が1～2個であり、最上段の先端の苞は披針形で、花がつかない。花序の分枝した側枝の花穂は幅が狭く、苞の幅も狭く、花数も1～3個である。幅の広い大きい苞は花が5～6個つき、中央より上側の幅が最も広く、丸味を帯びた扇状の扁円形。萼は萼歯が5個、毛が密生し、腺点がある。花冠は長さ3～5㎜、普通、淡紅紫色、白毛が密生し、腺点もある。果実は4分果、萼に深く包まれ、萼の先は開かないため、果実は見えない。
　Elsholtzia argyi H.Lev. は中国に分布し、中国名は紫花香薷 (zi hua xiang ru)という。フトボナギナタコウジュはこの変種 var. nipponica とする見解もある。苞は長さ約5㎜、幅約5㎜。
　よく似たナギナタコウジュは葉の幅が狭く、花穂の幅が約6㎜（苞に花が普通3個つく）。また、苞は中央の幅が最も広く、ほぼ円形で、苞の面が無毛。